Yakın gelecekte yaşlanmış ve yorgun olan Wolverine ve Professor X, Meksika sınırında saklanmaktadır. Fakat Logan'ın dünyadan gizlenmesi ve mirası, karanlık güçler tarafından takip edilen genç bir mutant geldiğinde sona erer. Şimdi Wolverine'de genç bir kadın klonunu Nathanial Essex'in liderliğindeki kötü bir organizasyondan korumalıdır.